豬流感的潛伏期短，僅數小時至數天，一般自然感染病例的潛伏期為 2~7天。在第 1 頭病豬出現后，幾乎所有易感豬在一夜之間開始咳嗽，鼻和眼流出粘性分泌物，鼻分泌物有時帶血，病豬呼吸困難、呈腹式呼吸，體溫迅速升高至 40~42℃，精神沉郁，食欲減退甚至廢絕，豬群呈明顯病態，常臥地不起，有時跛行，發病率可達 100%。病程短，無并發感染的病例病程為 2~6 天，臨床恢復和發病一樣迅速。但是，由于免疫應答，臨床癥狀消退后，病毒可繼續在豬群中傳播，一些豬會變成慢性感染，導致其生長緩慢。且據臨床觀察仔豬的死亡率較高，懷孕后期母豬也可能出現流產。若繼發或混合感染其他細菌或病毒，病程將延長，病情加重，死亡率高達 10% 以上。
SI 的發生與應激因素有重要關系。天氣驟變，豬舍潮濕、擁擠，空氣污濁，營養不良，露宿雨淋，涼風侵襲等是誘發 SI 的主要因素。本病一年四季均可發生，多發生于早春、晚秋、寒潮侵襲等天氣驟變季節。各種年齡的豬均可感染。該病多呈暴發，發病急、流行快，如不發生并發或繼發感染，一般發病3~5 天后即可自行康復，極少出現死亡。多數死亡是由于發生巴氏桿菌、支原體、鏈球菌等繼發感染引起的。生產中，常發生不同亞型的協同流行，使疫情加重，同時極易協同發生豬藍耳病、豬呼吸道冠狀病毒、豬傳染性胸膜肺炎及豬肺炎支原體等感染，使病情復雜而反復，嚴重影響豬群健康狀態和生產性能。SIV 存在于病豬或帶毒的鼻汁或氣管、支氣管滲出液、肺及其淋巴結內，發病前后鼻腔分泌物中含病毒最多，傳染性最強。在血液、脾、肝、腎、腸系膜淋巴結和腦中難以檢出 SIV。病豬、老鼠、蚊蠅、飛沫、空氣等都可傳播該病。
